Defensoría Universitaria es un órgano especial, tiene a su cargo tutelar los derechos de los miembros de la comunidad universitaria y velar por el mantenimiento del principio de autoridad responsable y velar por el mantenimiento del principio de autoridad responsable. 
Funciones de la Defensoría Universitaria.- Son funciones de la Defensoría Universitaria:
a) Velar por el respeto de los derechos y las libertades de todos los miembros de la comunidad universitaria frente a actos u omisiones de las autoridades, funcionarios, docentes y trabajadores no docentes de la Universidad que los vulneren.
b) Promover, orientar y difundir en la comunidad universitaria el respeto y tutela de los Derechos Humanos.
c) Conocer y atender las denuncias y reclamaciones que formulen los miembros de la comunidad universitaria vinculadas con la infracción de derechos y libertades individuales en las instancias de prestación de servicios de la UNAJMA.
d) Conciliar en la solución de desacuerdos y diferencias entre miembros de la comunidad universitaria, a instancia de parte o por petición de los órganos de gobierno de la UNAJMA.
e) Proponer normas y políticas que contribuyan a garantizar y mejorar la defensa de los derechos de las personas de la comunidad universitaria.
f) Formular recomendaciones a los órganos responsables del gobierno de la universidad sobre asuntos de violación de derechos que hayan sido sometidos a su conocimiento.
g) Presentar ante la Consejo Universitario un informe anual de sus actividades o cuando esta lo solicite.
h) Las otras funciones establecidas en los Reglamentos y Normas especiales, dentro del ámbito de su competencia.